微生物杀虫剂是目前生物防治的一个最主要组成部分，不论在基础研究还是产业化方面均走在整个生物农药研究领域的前列。微生物杀虫剂的发酵过程包括培养基的配制、菌种选育、灭菌、扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯等几个步骤。其中菌种选育方法一般有：①人工诱变；②从自然界存在的菌种中分离；③用细胞工程和基因工程的方法对菌种的遗传特性进行定向改造。这里未提及人工诱变和自然界存在的菌种中分离得到高产菌株直接进入发酵工艺两方面，只是强调了利用基因工程技术，通过发酵培养基因工程菌，得到所需要的高附加值产品这一方法。在发酵过程，要充分注意发酵过程的检测和发酵条件的控制，包括发酵条件对菌种代谢途径的影响。在发酵罐中，菌种利用培养基中的营养物质不断地生长繁殖，而通过发酵条件的控制，可以使微生物的代谢朝着对人类有利的方向进行。因此，控制发酵条件是人工控制微生物代谢的一个重要方面。收获微生物细胞和从细胞或培养液中分离纯化所需要的代谢产物方法常有浓缩、吸附、过滤、离心、萃取、干燥和重结晶等。